Universitas Gadjah Mada (UGM) sebagai Perguruan Tinggi Badan Hukum Milik Negara yang telah mencanangkan diri sebagai universitas riset telah menuangkan kebijakan misinya melalui Renstra UGM. Tindakan nyata di dalam mewujudkan status PT BHMN adalah dengan merevitalisasi dan mengefisienkan unit-unit pendukung universitas termasuk Laboratorium Pusat. Laboratorium Penelitian dan Pengujian Terpadu (LPPT) UGM adalah laboratorium pusat universitas yang merupakan gabungan dari 4 (empat) laboratorium pusat, yaitu Laboratorium Analisis Kimia dan Fisika Pusat (LAKFIP), Laboratorium Ilmu Hayati (LIH), Pusat Studi Obat Tradisional (PSOT), dan Unit Pengembangan Hewan Percobaan (UPHP). Walaupun Kompetensi laboratorium pusat tersebut telah dikenal dan mampu memberikan layanan dan kontribusi bagi universitas maupun masyarakat sesuai dengan lingkup bidang dan kompetensinya, namun masih perlu ditingkatkan di dalam pengelolaannya sehingga Laboratorium-laboratorium tersebut dilebur menjadi LPPT UGM.

LPPT   UGM   secara   formal   didirikan   menurut   SK   Rektor   No. 265/P/SK/HT/2004 tanggal 29 November 2004. Pada awal tahun 2005, tim manajemen LPPT UGM telah dilengkapi dengan tim manajemen memiliki komitmen tinggi untuk meningkatkan peran dan fungsi laboratorium tersebut ke arah yang lebih strategis, terpadu, kolaboratif dan dilandasi oleh pendekatan antar-bidang ilmu. Oleh karena itu, sejak berdiri, LPPT UGM dijalankan dengan prinsip manajemen laboratorium standar ISO/IEC 17025:2000.
Pada tahun 2014, SK LPPT diperbarui dengan Surat Keputusan Rektor No. 90/P/SK/HT/2014 yang memperluas fungsi LPPT UGM dan dikukuhkan dalam Peraturan Rektor UGM nomor 1/P/SK/HT/2015.